Les plaquettes sanguines sont générées et libérées dans la circulation à partir de leurs précurseurs, les mégacaryocytes, qui résident dans la moelle osseuse. Les pathologies plaquettaires constitutionnelles sont des affections génétiques rares, caractérisées par un déficit quantitatif (thrombopénies) et/ou qualitatif (thrombopathies) des plaquettes. Les anomalies responsables de ces pathologies affectent principalement les récepteurs membranaires, les organelles intra-plaquettaires, les protéines de signalisation, les composants du cytosquelette et les facteurs de transcription impliqués dans la mégacaryopoïèse. L’étude du transcriptome des mégacaryocytes générés in vitro à partir de cellules souches CD34+ de patients atteints de pathologies plaquettaires constitutionnelles constitue un outil précieux pour élucider les mécanismes sous-jacents à ces maladies, qu’elles soient liées à des variants des facteurs de transcription ou à d’autres anomalies génétiques. Cette revue propose un guide pratique pour l’utilisation du séquençage de l’ARN à l’échelle unicellulaire (scRNA-seq), reposant sur la technologie de 10X Genomics, ainsi que des outils bio-informatiques associés. L’application de ces approches aux pathologies plaquettaires constitutionnelles, à travers l’analyse de cultures de mégacaryocytes générés in vitro permet de mieux comprendre le développement et la fonction de ces cellules. À titre d’exemple, la thrombopénie liée à des variants du gène du facteur de transcription ETV6 est présentée. Les perspectives futures de l’utilisation de cette technique incluent l’intégration de la transcriptomique à d’autres technologies de pointe dans une approche multiomique, afin de mieux comprendre les mécanismes impliqués dans les pathologies plaquettaires constitutionnelles.