RÉSUMÉ
La maladie thromboembolique veineuse (MTEV) a une composante génétique majeure dont l’exploration repose classiquement sur la recherche de 5 anomalies : les déficits en antithrombine, protéine C, protéine S et les facteurs V et II Leiden. La démocratisation des outils de biologie moléculaire permet d’esquisser de nouvelles stratégies d’exploration en cas de bilan négatif. Le service d’hématologie biologique du CHU de la Timone à Marseille a mis en place depuis 2020 un panel de 27 gènes de la coagulation dont le séquençage (séquençage haut débit – NGS) est réalisé chez des patients ayant présenté un épisode de MTEV avant l’âge de 50 ans avec un bilan de thrombophilie négatif. Les variants identifiés ont été classés selon les recommandations de l’ACMG. Seuls les variants de classe 3 (variants de signification incertaine), 4 (probablement pathogènes) et 5 (pathogènes) ont été considérés. Au total, 53 variants de classe 3 ou plus ont été identifiés chez 46 patients, soit un taux d’identification de 35 % (classe 3, n = 42 ; classe 4, n = 10 ; classe 5, n = 1). Cette stratégie a permis d’identifier 2 profils de variants : des variants récurrents situés sur les gènes SERPINC1 et PROS1 codant pour l’antithrombine et la protéine S (Cambridge II, Dublin, Heerlen), dont le dépistage est difficile avec les dosages plasmatiques ; et des variants rares voire privés dont le potentiel délétère nécessite d’être précisé. Les résultats obtenus sont encourageants mais les limites de cette nouvelle stratégie nécessitent de bien définir les contours de ses indications.
MOTS CLÉS
maladie thromboembolique veineuse, séquençage haut-débit, thrombophilie
ABSTRACT
Venous thromboembolic disease (VTE) has a significant genetic component, traditionally investigated for the presence of 5 anomalies: deficiencies in antithrombin, protein C, protein S, and the factor V and II Leiden mutations. The democratization of molecular biology tools has opened up new exploration strategies in the event of a negative initial testing. Since 2020, the Hematology Department at the Timone Hospital in Marseille has been sequencing a panel of 27 coagulation-related genes (high-throughput sequencing – NGS) performed on patients who have experienced a VTE episode before the age of 50, with a negative thrombophilia testing. The identified variants have been classified according to the ACMG recommendations. Only class 3 (variants of uncertain significance), class 4 (probably pathogenic), and class 5 (pathogenic) variants were considered. In total, 53 class 3 or higher variants were identified in 46 patients, resulting in an identification rate of 35% (class 3, n = 42; class 4, n = 10; class 5, n = 1). This strategy allowed the identification of two variant profiles: recurrent variants located in the SERPINC1 and PROS1 genes encoding antithrombin and protein S (Cambridge II, Dublin, Heerlen), which are difficult to detect with plasma assays; and rare or private variants with potentially deleterious effects that require further investigation. The results obtained are promising, but the limitations of this new strategy require a clear definition of its indications.
KEYWORDS
high-throughput sequencing, thrombophilia, venous thromboembolism
