RÉSUMÉ
Les plaquettes sanguines sont générées et libérées dans la circulation à partir de leurs précurseurs, les mégacaryocytes, qui résident dans la moelle osseuse. Les pathologies plaquettaires constitutionnelles sont des affections génétiques rares, caractérisées par un déficit quantitatif (thrombopénies) et/ou qualitatif (thrombopathies) des plaquettes. Les anomalies responsables de ces pathologies affectent principalement les récepteurs membranaires, les organelles intra-plaquettaires, les protéines de signalisation, les composants du cytosquelette et les facteurs de transcription impliqués dans la mégacaryopoïèse. L’étude du transcriptome des mégacaryocytes générés in vitro à partir de cellules souches CD34+ de patients atteints de pathologies plaquettaires constitutionnelles constitue un outil précieux pour élucider les mécanismes sous-jacents à ces maladies, qu’elles soient liées à des variants des facteurs de transcription ou à d’autres anomalies génétiques. Cette revue propose un guide pratique pour l’utilisation du séquençage de l’ARN à l’échelle unicellulaire (scRNA-seq), reposant sur la technologie de 10X Genomics, ainsi que des outils bio-informatiques associés. L’application de ces approches aux pathologies plaquettaires constitutionnelles, à travers l’analyse de cultures de mégacaryocytes générés in vitro permet de mieux comprendre le développement et la fonction de ces cellules. À titre d’exemple, la thrombopénie liée à des variants du gène du facteur de transcription ETV6 est présentée. Les perspectives futures de l’utilisation de cette technique incluent l’intégration de la transcriptomique à d’autres technologies de pointe dans une approche multiomique, afin de mieux comprendre les mécanismes impliqués dans les pathologies plaquettaires constitutionnelles.
MOTS CLÉS
mégacaryopoïèse, pathologies plaquettaires constitutionnelles, séquençage de l’ARNm sur cellule unique (scRNAseq)
ABSTRACT
Platelets are generated and released into the circulation from their precursor cells, the megakaryocytes, which reside in the bone marrow. Inherited platelet diseases are rare genetic conditions characterized by either a quantitative (thrombocytopenia) and/or a qualitative defect (thrombopathy) in platelets. The underlying abnormalities in these disorders primarily affect membrane receptors, intraplatelet organelles, signaling proteins, cytoskeletal components, and transcription factors involved in megakaryopoiesis. Transcriptomic analysis of megakaryocytes generated in vitro from CD34+ stem cells of patients with inherited platelet diseases represents a valuable tool for elucidating the molecular mechanisms underlying these diseases, whether they are linked to variants in transcription factors or to other genetic anomalies. This review provides a practical guide to single-cell RNA sequencing (scRNA-seq), based on the 10X Genomics technology, along with associated bioinformatic tools. The application of these approaches to the study of inherited platelet diseases is explored, particularly through the analysis of in vitro cultured megakaryocytes and allows gaining deeper insight into the development and function of these cells. As an example, thrombocytopenia associated with variants in the ETV6 transcription factor gene is discussed. Future perspectives of using this technique include the integration of transcriptomics with other advanced technologies in a multi-omics approach, to further improve our understanding of the mechanisms involved in inherited platelet diseases.
KEYWORDS
inherited platelet diseases., megakaryopoiesis, single-cell RNA sequencing (scRNAseq)
